Berdirinya Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Gadjah Mada diawali sejak didirikannya Perguruan Tinggi Kedokteran Gigi di Rumah Sakit Tegalyoso, Klaten (1948). Pada tahun ini juga, tepatnya tanggal 5 Maret 1948 diresmikan penggabungan dengan Perguruan Tinggi Kedokteran yang telah ada sejak tahun 1946 di Klaten. Gabungan dua perguruan tinggi ini diberi nama Perguruan Tinggi Kedokteran dan Kedokteran Gigi bertempat di Rumah Sakit Tegalyoso, Klaten.
Pada tanggal 19 Desember 1949 perguruan tinggi ini bergabung dengan perguruan tinggi yang sudah ada di Yogyakarta, yaitu Sekolah Tinggi Teknik dan Fakultas Hukum dan Sastra, Filsafat dan Kebudayaan dengan nama UNIVERSITIT NEGERI GADJAH MADA. Pada saat itu Fakultas Kedokteran Gigi masih merupakan gabungan antara Fakultas Kedokteran dan Farmasi dengan nama FAKULTIT KEDOKTERAN, KEDOKTERAN GIGI DAN FARMASI yang bertempat di Mangkubumen, Yogyakarta.
Pada tahun 1955 Fakultas Farmasi memisahkan diri, sementara Fakultas Kedokteran Gigi masih bergabung dengan Fakultas Kedokteran dengan nama FAKULTAS KEDOKTERAN DAN KEDOKTERAN GIGI. Oleh Menteri P dan K Republik Indonesia pada tanggal 29 Desember tahun 1960 dengan Surat Keputusan No. 1090/UU ditetapkan berdirinya Fakultas Kedokteran Gigi dengan nama FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI UNIVERSITAS GADJAH MADA.
Periode Tahun 1960 – 1970
Walaupun secara resmi Fakultas Kedokteran Gigi UGM telah ditetapkan berdirinya, tetapi secara fisik masih belum mempunyai gedung sendiri. Pada waktu itu kegiatan pendidikan dan administrasi yang lain dilakukan di Mangkubumen. Sistem pendidikan yang semula dilakukan secara bebas, yang terdiri dari tingkat propadeuses, bakaloreat dan doctoral/sarjana, mulai tahun 1962 berangsur-angsur diganti dengan sistem semester.
Dalam perkembangannya Fakultas Kedokteran Gigi menempati gedung di Sekip Utara, yang sebelumnya ditempati IKIP (sekarang Universitas Negeri Yogyakarta), dan pemindahan fakultas secara berangsur-angsur dimulai pada tahun 1969 dengan didahului pindahnya perangkat kantor dan akhirnya pada tahun 1970 semua perangkat fakultas telah berada di gedung baru.
Periode 1970 – 1997
Berbagai perubahan dan pembangunan baru mulai direncanakan sehingga akhirnya mendapatkan bentuknya yang sekarang. Sistem pendidikan yang dilaksanakan dengan sistem semester, sesuai dengan kebijakan universitas, diganti dengan sistem kredit yang mulai diperkenalkan pada tahun 1974. Setelah diadakan penyempurnaan, mulai tahun 1976 pelaksanaan sistem kredit dilakukan dengan membagi jenjang pendidikan dalam Program Pendidikan Sarjana Muda, Program Pendidikan Sarjana dan Dokter Gigi. Program Pendidikan Sarjana Muda terdiri atas Tingkat Persiapan dan Tingkat Sarjana Muda. Keadaan ini berlaku hingga akhir tahun 1986 dan akhirnya dengan Surat Keputusan Rektor No. 2 tahun 1987 Program Pendidikan Sarjana Muda dihapuskan.
Periode 1997 – 2007
Pada tanggal 30 Agustus 1997 oleh Rektor UGM Prof. Dr. Sukanto Reksohadiprodjo, MCom, telah diresmikan Laboratorium Klinik Stomatognatik. Klinik tersebut bertujuan untuk meningkatkan psikomotor mahasiswa pada tingkat profesi dan meningkatkan mutu pelayanan kepada masyarakat.
Pada tahun 1998 telah dibentuk Laboratorium Terpadu Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Gadjah Mada dengan Surat Keputusan Dekan Nomor : UGM/KG/2279A/UM/01/39 diresmikan oleh Dekan FKG UGM : drg. Soetomo Nawawi, DPHD, Sp Perio pada tanggal 29 Desember 1998.
Untuk meningkatkan pelaksanaan pengabdian pada masyarakat, FKG UGM membuka Poliklinik Terpadu Pelayanan Sore Hari sejak tanggal 22 Mei 2000.
Pada tahun 2003, Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Gadjah Mada telah menempati gedung baru dengan luas bangunan 8500 m2 yang merupakan proyek OECF. Gedung ini dibagi menjadi 2 unit yaitu unit perkantoran dan unit klinik/ laboratorium. Unit perkantoran secara umum terletak di sebelah selatan dan unit klinik dan laboratorium di sebelah utara. Gedung tersebut diresmikan oleh Mendiknas Prof. Drs. A. Malik Fadjar, M.Sc. pada tanggal 6 Januari 2004.
Di tingkat Nasional FKG UGM turut berperan aktif dengan terbitnya SK Menteri Kesehatan tentang pendirian Rumah Sakit Gigi dan Mulut sebagai tempat proses pembelajaran pendidikan dokter gigi. Rumah Sakit Gigi dan Mulut Fakultas Kedokteran Gigi UGM diberi nama Rumah Sakit Gigi dan Mulut Prof. Soedomo yang diresmikan oleh Mendiknas Prof. Dr. Bambang Sudibyo, MBA. pada tanggal 31 Desember 2005.
Periode 2008 – sekarang
Berdasarkan penelusuran sejarah oleh beberapa narasumber dan melalui lokakarya yang dilaksanakan di Yogyakarta tanggal 7Januari 2008, diputuskan bahwa hari lahir FKG UGM adalah tanggal 5 Maret 1948 (Surat Keputusan Senat FKG UGM No. 215/SK/J01.1.21/SF/2008).
